如果仔细看清朝的地图会发现，内外蒙虽然都有盟旗，但是内蒙的部落数量较之外蒙却多了很多，外蒙只有三四个大部落。造成内蒙古的部落比外蒙古部落多的这个格局从根子上来说完全是在明朝时期奠定的，清朝对这个局面的形成确实有一定作用，但还是次要的。
明代中期，达延汗分封奠定了内蒙部落比外蒙部落多的格局，这是根本原因和主要原因
想解析这个问题还得从蒙古的中兴之主达延汗巴图蒙克说起，就是达延汗在满都海夫人的辅佐下，以察哈尔部为基本盘，先率大军与瓦剌激战，使瓦剌失去了染指东蒙古意图，重振了从明初开始黄金家族旁落的汗权。又进而消灭了右翼异姓封建主亦不剌等势力，将东蒙古统一在了自己的旗帜下，确立在内外蒙黄金家族至高无上的地位。
在统一东蒙古后，由于蒙古高原落后的生产力和组织形态根本无法形成支撑中央集权政权的条件，实行草原分封制是唯一的出路，于是达延汗将自己所辖部落分封给自己的后代们，形成了六万户，至此黄金家族的子孙遍及内外蒙古，根据蒙古族史书《蒙古源流》、《金轮千辐》罗列如下。
长子：图鲁博罗特。先于达延汗去世，其子博迪继承了大汗直属部落察哈尔部。此部从大同北部迁到大兴安岭以东西拉木伦河流域。
次子：乌鲁斯博罗特。本是达延汗指定的右翼蒙古领有者，但被右翼异姓封建主合谋杀死。死后，无子嗣。
三子：巴尔斯博罗特。代替乌鲁斯博罗特掌管整个右翼蒙古，巴尔斯博罗特是土默特万户、鄂尔多斯万户、永谢不万户的直系祖先。这三个万户驻牧于河套、山西边外，大致是在今天的内蒙古西部、河套这块。
四子：阿尔苏博罗特。掌管多伦土默特。土默特万户的组成部分。
五子：阿勒楚博罗特。分得喀尔喀万户一部分，为内喀尔喀蒙古五部始祖，驻牧于通辽市东南。
六子：斡齐尔博罗特。克什克腾部始祖（依附于察哈尔）。
七子：阿尔博罗特。原领有浩齐特部，后被察哈尔吞并。
八子：格鲁迪台吉。死后无子嗣。
九子：乌巴伞察。原占据阿速特部和永谢不万户，他的两个儿子们内斗身死，遂被巴尔斯博罗特的后裔博迪达喇钻了空子，占据了两部。但不知为何阿速特部消失。
十子：格列博罗特。敖汉、奈曼部始祖（依附于察哈尔部）。
十一子：格列山只。与五子阿勒楚博罗特共分喀尔喀万户，其率部驻牧于漠北。
达延汗身后所列六万户，左翼三万户：察哈尔万户、喀尔喀万户、乌梁海万户。右翼三万户：鄂尔多斯万户、土默特万户、永谢不万户。由以上所罗列的信息可以得知，达延汗将自己的子嗣们大部分分封在了漠南地区，而诸子领有的万户之中，察哈尔万户、土默特万户、永谢不万户、鄂尔多斯万户四大万户无疑是在我国境内的内蒙古地区，而喀尔喀万户则一分为二，其中十二鄂托克中有五个鄂托克驻牧于内蒙。乌梁海万户的情况比较特殊，此万户原也驻牧于漠北，没有达延汗分封的子弟，经常与漠南蒙古做对，由于太跳，被察哈尔部大汗博迪（不地）、土默特部阿勒坦汗（俺答）、鄂尔多斯部衮必里克济农（吉囊）群殴致死，其部众被三部瓜分，告别了历史舞台。《北虏始末志》记载：“别种曰黄毛者（乌梁海），凶悍不能别生死，众少于三部（鄂尔多斯、土默特、察哈尔）。虏或时深入，黄毛辄从后掠，徼取子女玉帛，虏苦之。后合兵逐北急击，大破臣黄毛，以是无内顾，得并力我。”
除了达延汗的直系部落，成吉思汗的诸弟部落也生活在内蒙古、东北一带。其中科尔沁部、札赉特部、杜尔伯特部、郭尔罗斯部、四子部落、茂明安部、乌喇特部是成吉思汗弟弟合撒儿的后裔。翁牛特部是斡赤斤的后裔。阿巴噶部、阿巴哈纳尔部是别里古台的后裔。
下面来汇总一下：内扎萨克蒙古诸部原始构成单位：察哈尔万户、土默特万户、永谢不万户、乌梁海万户（原在漠北，被察哈尔、土默特、鄂尔多斯三万户吞并）、鄂尔多斯万户、喀尔喀万户的五个鄂托克、成吉思汗诸弟部落。外蒙古诸部原始构成单位：喀尔喀万户的七个鄂托克。
所以，在清代以前内蒙古的隶属于黄金家族的万户就比外蒙古多，就算不细分，内蒙相对于外蒙，在数量上也有6：1的优势。而达延汗的儿子分配到内蒙的比例相对于外蒙更有8：1的优势。光土默特部就有12个鄂托克了，论部落的丰富，只有7个鄂托克的外喀尔喀怎么能比得过？
清廷对内扎萨克蒙古的长期征服战争加剧了内蒙古诸部的碎片化
早在努尔哈赤创业期间，女真就和漠南蒙古诸部发生了数次冲突。其中，最重要的一次就是万历二十一年（1593年）古勒山战役击败科尔沁部为首的九部联军，此是女真对漠南蒙古征服之始。努尔哈赤和皇太极在位时期，又对漠南蒙古发动强有力的攻势，努尔哈赤基本上将内喀尔喀五部蒙古打碎，而皇太极连续三次暴击察哈尔部。
清廷对这两部发动战争的后果就是打碎了这两部原来的组织结构，将这两部的直属部落分化出来。其中内喀尔喀五部的弘吉剌、乌济叶特、巴岳特被打得直接消失了，唯有扎鲁特部和巴林部还在，成为了内扎萨克二十四部的一部分。而察哈尔部更惨，产生的碎片更多，原来的直属部落敖汉、奈曼、克什克腾、乌珠穆沁、浩齐特、苏尼特等部纷纷投降清廷，成为内扎萨克二十四部的一部分。
在清廷打击之前，这些部落是内喀尔喀五部和察哈尔万户的一部分，而在清廷打击之后，这些部落成为了内扎萨克蒙古的一分子，所以内蒙古之所以部落多，确实也有清朝的因素在里面，毕竟在清廷的打击下，至少有8个部落被析了出来。《清史稿》对内扎萨克诸部总结道：“内扎萨克二十四部，自科尔沁、扎赉特、杜尔伯特、郭尔罗斯、喀喇沁、土默特左翼、阿噜科尔嬉、翁牛特、阿巴噶、阿巴哈纳尔、四子部落、茂明安、乌喇特外，皆元太祖十五世孙达延车臣汗之裔。达延车臣汗子十一：长图噜博罗特，其嗣为敖汉、柰曼、乌珠穆沁、浩齐特、苏尼特五部；第三子巴尔苏博罗特，其嗣为土默特右翼一旗及鄂尔多斯部；第五子阿尔楚博罗特，其嗣为巴林、扎噜特二部；第六子鄂齐尔博罗特，其嗣为克什克腾部；第十一子格呼森扎扎赉尔台吉，其嗣为喀尔喀左翼、喀尔喀右翼二部；余皆不著。图噜博罗特子二：长博第阿喇克，详《乌珠穆沁传》；次纳密克，生贝玛土谢图。子二：长岱青杜榜，号所部日敖汉；次额森伟征诺颜，详《柰曼传》。”
而外蒙古的情况则有所不同，被格列山只带去的七个鄂托克最后演变成三部，分别是札萨克图汗部、土谢图汗部、车臣汗部。他们在皇太极时期和顺治时期确实和清廷有过冲突，但烈度远远不及漠南蒙古诸部。康熙二十七年（1688年），准噶尔汗噶尔丹率兵攻打喀尔喀三部，喀尔喀三部始来投清。康熙帝可能是考虑到喀尔喀蒙古处在对抗准噶尔的第一线，为了抚绥诸部，才在战胜噶尔丹之后，没有将三部的属众打散，而只对三部细分编旗进行管理。直到雍正年间，才从土谢图汗部里分出三音诺颜部。
无论是内外蒙古每旗的扎萨克都是由领主来担任的，理藩院只是有最终确认和罢免的权力。扎萨克本旗内的官旗章京和副章京都是以下官员都是在本旗内选择台吉、塔布囊产生的，理藩院只有确认和处置的权力。
所以，内蒙古的部落之所以比外蒙古多，无非就有两个主要原因，无非两点，达延汗分封的诸万户大部分都在内蒙，而清廷的暴击加剧了内蒙古各部分化的过程。
