承德普佑寺建于普宁寺落成的第二年，即乾隆二十五年（1760年）。那是乾隆皇帝在承德避暑山庄以外修建的第二座寺庙。当时适逢乾隆皇帝50寿辰，其母皇太后70寿辰的喜庆之时，也是清军出兵西北，平定了回部大小和卓木的叛乱，取得了继平定准噶尔达瓦齐、阿睦尔撒纳叛乱后的又一次平叛胜利。从此，彻底结束了西北边疆地区多年分裂割据的混乱局面，给各族人民带来了和平。为庆祝平叛胜利，也为寿辰建起了这座普佑寺。

　　当时乾隆皇帝在承德建普佑寺的另一个目的是：那时承德己有三座皇家寺庙，并驻有大量喇嘛。为通过宗教渠道加强内地与蒙藏地区的联系，提高喇嘛文化素质，有必要在承德建立一座喇嘛诵经的札仓（即寺院的附属经学院），开讲显宗经学、密宗经学、历算学和医药学。经学院不但要培养外八庙的喇嘛，而且还要为蒙古各部的喇嘛选送佛学到普佑寺学经，学经费用全部由清政府提供。这个经院就在普佑寺，它不仅是喇嘛云集研习佛教经典、理论的经学院，也是进行宗教活动的重要场所。

　　普佑寺坐北面南，东西长59.3米，南北宽116米，布局呈长方形。它的建筑与邻近普宁寺不同，是以汉族建筑风格为主，但布局独特。它打破了传统的“伽蓝七堂”的汉式手法，天王殿居中，前建佛堂，后又增添了凹形经楼，使其前后形成二层院落，布局十分严谨。

　　遗憾的是1964年，普佑寺因雷击起火，大部分建筑毁于火灾，现在我们能见到的仅存山门及四座配殿，中间的大堂建筑已是一片平地。普佑寺内508尊罗汉抢救出来的仅有194尊，其余都葬身火海，无法挽回，十分可惜。现在的普佑寺由普宁寺住持代管，宗教生活附属于普宁寺。

　　普佑寺当年的辉煌只能从普宁寺清档案中查找，据记载普佑寺建筑有：“山门一座，计五间。明间外前詹挂‘普佑寺’陡匾一面；东西稍间设泥胎哼哈将二尊；殿一座计七间，明间外前檐挂‘大方广殿’四样字陡匾一面，殿内明间面北挂高宗纯皇帝御笔字‘大千功德’匾一面，系黑漆泥金字，边框有磕碰，漆有脱落处。高宗纯皇帝御笔字黑漆泥金字对一副；明三间正供木胎佛三尊，须弥座背光哈达三件。高宗御笔字黑漆泥金字对一副，边框有磕伤漆有脱落处。”“后东配殿五间，明间内供木胎祖师三尊，供桌三张，上设木胎五供三分，随木灵芝油蠟各一对炉屜三件。木胎八宝三分，木胎菓托三分各计五件。欢门三堂，随五色锦缎边旙十八首，黄布簾刷三件。后西配殿五间，明间内供木胎祖师三尊，内中尊手持铜搯丝珐琅钵一件。”“顺山房二座，计十八间。经桌一百张，经床一百，八仙高桌八张。后照楼一座，计二十一间，楼上明间供铜萞罗佛一尊，随背光莲花座木神台哈达一件。”凭这些记载来想象当年的建筑规模和寺庙的格局。当然也可以查查1964年以前的普佑寺照片。

　　2016年在普佑寺北又新建了“宗师殿”，这是自清乾隆二十年(1755年)肇建普宁寺以来首次扩建的佛教工程。2016年5月27日和28日，举行了“宗师殿”建设落成开光揭幕仪式。新落成的“宗师殿”占地面积317平方米，供奉的是藏传佛教格鲁派创始人宗喀巴大师。并有十一世班禅额尔德尼·确吉杰布为宗师殿亲笔题写汉藏文字匾额书卷“宗师殿”，由普宁寺将大师的手书制作成“云龙陡匾”。“宗师殿”的落成，将为僧人、广大信众和国内外游客提供一个空间更大、设施更优、功能更全的修行道场和宗教文化服务平台。