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全球首个作物黄萎病菌资源和基因组数据库正式上线

全球首个作物黄萎病菌资源和基因组数据库正式上线
2020年11月16日 19:47 新浪网 作者 新京报

  新京报讯(记者 周怀宗)近日,全球首个作物黄萎病菌资源和基因组数据库搭建成功并正式上线。

  该数据库由中国农业科学院植物保护研究所作物黄萎病研究团队与美国加州大学戴维斯分校联合完成,用户可在该网站查阅收录的菌种资源信息、测序基因组可视化展示、数据挖掘和分析等工作。

  据中国农科院植保所戴小枫研究员介绍,作物黄萎病是一种危害植物种类极多的真菌性疾病,其主要病原为大丽轮枝菌,根据目前的研究和调查,它可以侵染38科660种植物,包括棉花、马铃薯、向日葵、茄子、番茄、黄秋葵等农作物。在全球,每年都会造成近百亿美元的损失,在我国,它最主要的危害对象是棉花和马铃薯,在过去,大丽轮枝菌的侵染一直都难以预防,其主要原因是种群结构复杂,农业生产实践中缺少分子流行检测技术。

马铃薯黄萎病。中国农科院供图
向日葵黄萎病。中国农科院供图
棉花黄萎病。中国农科院供图

  针对这一难题,中国农科院植保所作物黄萎病团队,联合国内外16家单位,展开协同攻关,构建了迄今为止来源最丰富的菌种资源库,发起了“全球黄萎病菌基因组研究”计划。

  团队现已完成了基因组解析工作,包括全基因组159株、重测序3624株,搭建了数据库1.0版本,并开始线上运行。

  该数据库收录了来自10个国家26个寄主共8102份黄萎病菌菌种资源;释放了159个大丽轮枝菌全基因组数据,占目前全球已释放大丽轮枝菌基因组总数的85%。同时,团队还搭建了基因组可视化、基因功能检索、基因比对等分析平台。

  目前,该团队还在进一步搭建数据库2.0版本,主要展示全球大丽轮枝菌遗传变异组数据。

  该研究得到国家重点研发计划政府间国际科技创新合作重点专项、中国农科院科技创新工程等项目支持。

  编辑 穆祥桐 校对 李铭

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