1625年农历六月二十六日，司礼监掌印太监兼东厂提督魏忠贤指示亲信许显纯诬陷东林党人杨涟、左光斗结党营私，收受辽东经略熊庭弼贿赂，将上述二人投进镇抚司诏狱。

　　杨涟入诏狱前，已因上奏弹劾魏忠贤二十四项大罪而被革职为民。锦衣卫押解杨涟进京时，知府李行志、知县夏之彦发动乡绅筹款营救，共筹措白银1万两，可这点钱无法挽救杨涟的性命。阉党指控杨涟受贿的金额是白银2万两，只要能够退还赃款，可免死罪。但魏忠贤一心要杨涟的命，下令许显纯一个月之内将其杀害。

　　从1625年六月二十八日开始，许显纯将镇抚司诏狱所有刑具都在杨涟身上使用了一遍。三日不到，杨涟体无完肤，坐、立皆不可，只能躺在地上受审。杨涟毫不屈服，用给其写供状的纸和笔，诉写魏忠贤的罪恶行径，魏忠贤看了七窍生烟，令许显纯立刻杀掉杨涟。此时杨涟家人也知道无法营救，暗自在饭菜中夹带金块，好让其自杀，但被牢卒查获，从此不让杨涟家人送饭。

　　1625年七月二十日，许显纯命缇骑杀害杨涟，缇骑于当天深夜将沉重的沙袋压在杨涟身上，想将其压死，结果平常人压两个小时就可气绝身亡，杨涟到第二天早上都还没有咽气，缇骑只得作罢。隔天，数名牢卒将杨涟牢牢按住，用两颗大铁钉从其双耳钉入，钉得血流满面。

　　众人想这回死定了，可不久杨涟就醒了过来，只是耳朵聋了。七月二十四日深夜，缇骑送杨涟上路，杨涟咬破食指，写下血书，仰天大笑受刑。许显纯也真够狠毒的，明明可以一刀杀了杨涟，却偏偏使用一种恒古未闻的酷刑来杀杨涟。他让狱卒将杨涟锁死，命人将一颗大铁钉从杨涟的天灵盖钉入，就这样，一代名臣杨涟终于在酷刑下死去。

　　1628年，崇祯皇帝继位，铲除阉党，魏忠贤自杀，许显纯被斩。朝廷追赠杨涟为太子太保、兵部尚书，谥号“忠烈”。

　　左光斗与杨涟同日入诏狱。杨涟入狱的第一天即遭受酷刑，而左光斗是第二天才受刑，原因就是魏忠贤想让这些文人看看酷刑的厉害，能够向其低头。但是魏忠贤似乎低估了东林党文人的意志力。左光斗第一天的刑罚是：大棍四十、拶敲一百、夹杠五十。给大家解释一下，大棍四十是打屁股，拶敲一百是夹脚踝，夹杠五十是夹手指，一套下来，不死也爬不起来了。左光斗受刑不到两天，缇骑又将镇抚司的刑具依次在其身上使用，伤疤摞着伤疤，已经被折磨得不成人形。

　　左光斗的学生史可法，文武双全、胆识过人，竟然买通镇抚司狱卒，化妆进入诏狱探监。史可法见到左光斗时，左光斗双眼浮肿，已经无法睁开，小腿的肌肉也因为腐烂而脱落，血淋淋的骨头都露出来了，地上爬满了争食腐肉的蛆虫。史可法抱着左光斗的腿哭，左光斗听见史可法的声音，挣扎着用稍微可以活动的左手扒开肿胀的眼皮，看了看自己的学生，怒喝道：“糊涂蛋，你来做什么？国家已经落到这般地步，我是活不长了，你再跑到我这儿来，让人害了你，谁来继承我！”说完竟然挣扎着用身上的铁索来殴打史可法，骂道：“蠢材，快走，不走我打死你”！ 史可法含泪离开了诏狱。

　　魏忠贤听说左光斗的朋友孙奇逢、鹿正、张果中四处筹款营救，竟然吩咐镇抚司堂官许显纯，五天拷打左光斗一次，索要钱财，而众人为左光斗上交的银两，并不交给司法。

　　1625年农历七月二十五日，即杨涟被杀第二天，魏忠贤命许显纯杀害左光斗。其实左光斗因为严重的感染，已经奄奄一息，缇骑稍微使坏，左公饮恨而逝。

　　1628年，崇祯皇帝追赠左光斗太子少保，右都御史，荫一子为官。史可法言：左老师的肺肝，都是用铁和石头做成的啊！