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我国科学家构建首个油菜基因转录数据库

我国科学家构建首个油菜基因转录数据库
2020年08月09日 11:52 新浪网 作者 中国青年报

   中国青年报客户端讯(中青报•中青网记者 邱晨辉)记者从中国农业科学院油料作物研究所获悉,该所油料作物基因组学与抗病性改良创新团队前不久破译了油菜基因组的全转录信息密码,构建了油菜十万余个基因的转录全景图,至此油菜基因功能研究第一次有了标准的可参考的基因转录数据库。该研究成果已于近日在线发表于学术期刊《植物学报》。

(图为油菜功能基因转录信息实例图,中国农业科学院油料作物研究所供图)

   据团队首席科学家、中国农业科学院油料作物研究所研究员刘胜毅介绍,随着科技的发展,人类对各种作物的了解越来越深入。其中,基因库的建立对农业科技的发展至关重要。此前,水稻、玉米、小麦等主要作物,都已经建立了基因库。如今,油菜也有了基因库。

   刘胜毅说,油菜基因组包含约12亿个碱基和十余万个基因,如何解读这些海量的基因组信息,成为功能基因研究的重要任务。基因是通过转录形成mRNA再翻译成蛋白质。由于基因的转录通常存在多种可变的剪切方式,从而一个基因可以形成许多种不同的mRNA。

  此前,由于技术和资源的限制,油菜一直缺乏全基因组水平所有基因的转录mRNA数据库,导致油菜基因功能研究缺乏可查询和可参考的基因注释信息。为了突破这一瓶颈,刘胜毅团队采用最新的三代测序技术,准确测定了油菜全长转录组,并自主开发了一套用于多倍体油菜复杂基因组的分型方法,绘制了油菜基因组的转录全景图,构建了油菜“标准”的参考转录本数据库。

   来自中国农科院的消息称,该研究成果更新了人们对油菜基因和基因组的认识和理解,将为甘蓝型油菜功能基因和遗传改良研究、以及基因组设计育种提供数据基础和理论指导,有力支撑油菜功能基因的相关研究工作。

  来源:中国青年报客户端

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