
在电脑中培养“细胞盆栽”,让细胞拥有元宇宙“数字分身”?这或许是未来生命科学研究极具潜力的一个发展方向。这条路究竟怎么走?
3月25日,西湖大学医学院郭天南团队在《细胞研究》发表评述文章,探讨人工智能虚拟细胞(AIVCs)的发展方向。他提出,AIVCs的核心依赖于三大数据支柱——先验知识、静态结构和动态状态,而且高通量组学数据(特别是微扰蛋白质组学数据)在动态模拟中具有关键作用。
述评还进一步提出了闭环主动学习系,结合AI预测与自动化实验,实现自适应优化,加速细胞建模与科学发现。为确保AIVC概念的可行性,研究人员建议从酵母等较简单但信息丰富的细胞模型入手,并逐步扩展到更复杂的人类癌细胞系,以推动AIVCs在生物医学、药物开发和个性化医疗中的广泛应用。
相当于一个养成游戏?
在生物医学研究中,细胞是生命的基本单位,对于理解健康、衰老、疾病以及药物开发和合成生物学至关重要。然而,传统的细胞实验通常需要消耗大量资源,并且实验结果易受变异影响,导致可重复性问题。因此,研究人员提出了虚拟细胞(Virtual Cells)或数字细胞(Digital Cells)的概念,以减少实验成本并提高研究的准确性和效率。
而AIVCs的核心思想则是通过人工智能和多模态数据整合,构建精确且可扩展的虚拟细胞模型。相比传统的虚拟细胞建模方法,AIVCs能够更全面地模拟细胞功能,并具有高通量仿真能力,甚至在某些情况下可以替代实验室实验。
“我们可以用‘智能细胞培养游戏’来理解AIVC。”郭天南解释,想象你正在玩一款名为“元宇宙细胞培养师”的高级模拟游戏,AIVC就是你在游戏中培养的“智能虚拟细胞”。
其中,三大数据支柱就像游戏的三个核心模块:先验知识是游戏的“百科全书”,包含了所有已知的细胞生物学信息;静态结构则是细胞的 “3D建模器”,让你能看到细胞的精细结构;动态状态是细胞的 “实时监测系统”,显示细胞内各种分子的实时变化。
综合了这些信息,游戏就能模拟真实细胞的行为和反应。闭环主动学习系统则像是游戏中的 “自动实验室”功能——它会自动识别你的虚拟细胞还有哪些未知的特性;它会设计并执行虚拟实验来探索这些未知领域;实验结果会立即用于更新和改进你的虚拟细胞模型。

这个 “智能细胞培养游戏”不断循环运行,每次实验都让你的虚拟细胞变得更加真实和精确。随着游戏的进行,你的虚拟细胞会越来越像真实的细胞,甚至可能揭示一些在现实世界中尚未发现的细胞特性。
这样,科研人员就能在电脑中培育出各种各样的 “细胞盆栽”,用于研究生命科学,而不需要真实的实验室和大量资源。
郭天南指出,AIVC需要依赖AI驱动的多模态数据整合,结合深度学习技术来解析复杂数据,最终推动系统生物学、个性化医学和药物研发的发展,为细胞行为研究提供新的视角。
入门级首选虚拟酵母细胞
AIVC的首个细胞模型选择至关重要,不同候选细胞各有优劣。述评文章建议科研人员把虚拟酵母细胞作为AIVCs的入门方向。因为,相较于支原体和大肠杆菌,酵母既简单又包含真核细胞结构,数据相对丰富,并已在生物学和药物筛选领域广泛应用。
而人类癌细胞系则是AIVC的后续重要目标,可推动AIVC在精准医学和药物开发中的应用。也就是说,先从简单模型入手,有助于优化AIVC的数据需求、建模策略和评估框架,为未来扩展到更复杂细胞系统奠定基础。
未来,AIVCs有望在药物开发、疾病建模和基础生物学研究中发挥重要作用,而科学界的协同合作对于推动这一领域的发展至关重要。因此,建立AIVCs的标准和最佳实践,将成为该领域下一阶段的重要任务,以确保AIVCs能够真正实现其在计算生物学和生物医学研究中的变革性潜力。

