可以对抗，但无法阻止。防区外发射巡航导弹攻击任何防空系统都鞭长莫及
S-400可以说是目前威力最强大，性能最强的防空武器系统。他可以管理使用8种不同规格、类型的防空导弹从400公里开始建立4道防空拦截网。但及时是用射程达400公里40N6防空导弹，也无法阻止战略轰炸机发射空射巡航导弹。
现在战略轰炸机越来越像空中发射平台，通过发射巡航导弹，可以在距离目标一千多公里外就完成攻击，无需进入对方防空系统射程。这种情况下，地面防空系统根本无法攻击到载机，只能干瞪眼看着对方发射完后扬长而去。
但是单纯的巡航导弹超视距攻击模式，在面对完整防空系统时作战效果比较差。例如去年4月份，美英法三国对叙利亚展开空袭，在未进入叙利亚领空情况下发射105枚巡航导弹。叙利亚防空部队使用SA-3、SA-5、山毛榉等较落后防空武器，在俄罗斯信息支持和电子干扰支援下，拦截了其中的71枚，拦截率高达70%。
所以如果美军战略轰炸机（不管哪个型号）不进入战区，躲在上千公里外发射巡航导弹，S-400这些同样无法阻止，能做的就是想办法拦截掉其发射的巡航导弹，而且可以拦截其中绝大部分。
但美军轰炸机部队里面，除了B-52和B-1B外，还有运营全球唯一的隐身战略轰炸机B-2A。B-2A可以凭借着其隐身能力，穿透防空网，进入敌方防空系统攻击范围内进行轰炸。如果S-400与B-2进行直接对抗过招的话，这就涉及到俄罗斯反隐身雷达能力的问题，反隐身雷达是各国秘不外传的核心技术。S-400并不包含反隐身雷达系统，俄罗斯自己的反隐身雷达体系是“天空-Y”机动式三坐标米波雷达，进行远距离探测大致目标，再结合L波段的探测雷达、Struna-1MU/Barrier E反隐身雷达再进行进一步的精确探测。这一套反隐身体系比较传统，缺乏新意，作战效能恐怕一般。
俄罗斯的NEBO无源反隐身雷达，俄罗斯的反隐身雷达手段还比较传统或者过时。
