来源：李曼养猪大会

　　诊断及控制保育期腹泻

　　肠毒素性大肠杆菌（ETEC）

　　防控：

　　o 氧化锌(1500-3000ppm)

　　− 减少腹泻、降低死亡率、提高性能（生长和饲料转化率）

　　− 作用机制尚不完全清楚：粘膜完整抑制细菌黏附（？）

　　− 环境问题和共同抗药性(四环素和磺胺类药物)

　　o 有机酸

　　− 抑制微环境的酸化

　　− 作用方式不明

　　− 效力差异很大，结果相互矛盾

　　o 免疫预防

　　− 新生猪仔ETEC腹泻：通过被动的结肠/乳源性免疫来预防。

　　− 断奶后ETEC腹泻：需要积极的肠道粘膜免疫反应。

　　o  肌肉注射：商用和自家

　　o  口服 (非致病性表现菌毛，不产生肠毒素)

　　o  亚单位口服：正在研发中，F4和F18免疫原性有差异

　　− 不同菌毛间的交叉保护（？）

　　肠道沙门氏菌

　　o 沙门氏菌肠道血清型伤寒杆菌

　　o 沙门氏菌肠道血清型I 1,4,[5],12 : i:‐

　　− 新出现的伤寒杆菌血清型变体

　　− 近年来美国猪沙门氏菌病的临床主要病因

　　o 无法区分的临床表现

　　− 持续5-7天水样腹泻（零星血迹）

　　− 脱水，以及整个保育-育肥阶段表现不佳

　　未来的挑战：对抗菌素使用的限制

　　欧洲经验：疾病发生率（禁止使用抗菌素作为生长促进剂之前及之后对比）

　　o 腹泻显著增加（保育）

　　- 断奶后腹泻：β-溶血性大肠杆菌

　　- 螺旋体结肠炎

　　- 临床回肠炎（细胞内劳森菌）

　　o 规模很关键

　　o 管理及其他替代策略

　　o 猪呼吸道疾病综合征（PRDC)

　　- 成功控制原发性诱发因素：接种疫苗、消灭病毒

　　o 猪肠道疾病综合征（PEDC) ？？？

　　- 肠道细菌是主要原因

　　- 协同作用：轮状病毒、大肠杆菌（？）

　　o 微生物组的复杂性

　　三代测序技术基本原理

　　准确度：单条序列的准确率约85%，拼接后可达99%，准确度低于二代测序和一代测序；

　　测序长度：单端几百bp-几M，长度最长；

　　测序成本：目前比二代和一代测序成本高；

　　测序通量：可达数百万条以上片段，几十G-几T的数据量；

　　PCR：无需PCR，直接测序。

　　数据分析：要求高，需要专业的生物信息学分析工具。

　　其他：可进行RNA直接测序，Nanopore的minion测序仪可以做到随身携带。

　　Nanopore的Minion便携式测序仪是第一款普通实验室都可以配置的测序仪，也使得测序技术可以真正广泛应用于临床检测。

　　由于三代测序的高错误率和长度长特征，目前最适合应用于临床样品的宏基因组检测。

　　案例分析

　　案例一  单病种感染

　　案例二  同一病种多种样品

　　案例三  混合感染

　　案例四  非常规检测病原感染

　　应用展望