1940年8月西线战役刚刚结束之际，希特勒便已经下令让陆军总司令部开始采取准备向东进军的预先措施，也就是研究军事上打败苏联的可行性。陆军总参谋部第一军需长（相当于副总参谋长）保卢斯奉命制定具体的进攻计划，与此同时驻守东线的第18集团军参谋长马尔克斯少将也受命就东线作战问题进行研究。到12月份总参谋部向希特勒提交了一个完整的进攻计划，即巴巴罗萨计划的最初版本，希特勒原则上同意了这一方案，但是在主要进攻方向的选择上提出了反对，双方在这一问题上展开激烈的争执，谁也不愿意让步。

　　由于普里皮亚季沼泽的存在，使预定的作战区域被分为两个相对独立的战场，必须划分为两个进军地域，德军总参谋部计划将主攻方向放在普里皮亚季沼泽以北，在这里部署两个野战集团军群，一个指向列宁格勒，另一个指向明斯克—斯摩棱斯克—莫斯科。在普里皮亚季沼泽以南部署一个野战集团军群，负责进军乌克兰（基辅方向）。这样德军总共有三个战略目标，分别是列宁格勒、莫斯科和基辅，由于总参谋部将进攻重点放在了普里皮亚季沼泽以北，列宁格勒和莫斯科自然就成为首要目标，负责进攻列宁格勒的集团军群在完成任务后也要加入到对莫斯科的总攻击中。为此负责进攻莫斯科的中路集团军群自然就得到大力加强，将为该集团军群提供2个装甲集群、3个步兵集团军的强大兵力，而北路和南路集团军群都只各有1个装甲集群。希特勒对总参谋部的进攻计划提出了异议，他认为应该将进攻重点放在普里皮亚季沼泽以南，即基辅方向，那里拥有苏联大部分的重工业，是苏联的经济中心，必须优先占领这些地区以摧毁苏联的战争潜力。另外列宁格勒作为苏联的红色政权发源地也必须要先于占领，这样莫斯科反而被放到了最后。这样希特勒认为将主攻方向应放到侧翼，而不是中央。按照希特勒的设想，南方集团军群的兵力应该得到重点加强，而不是中央集团军群，北方集团军群则不做变化，待占领列宁格勒和基辅后，北方集团军群和中央集团军群向莫斯科进军，而南方集团军群则继续深入高加索地区。

　　在主攻方向的选择上，希特勒和陆军总参谋部谁也不肯让步，直到战争爆发也没能达成一致。虽然中央集团军群仍旧配属了2个装甲集群以保证强大的突击能力，但是原来的3个步兵集团军被减少为2个，另一个加强给了南方集团军群，这算是对双方争执不下的一个折衷。希特勒虽然暂时默认了陆军总参谋部的进攻计划，但是在实际中并没有完全按照计划执行，南方集团军群的缓慢推进让希特勒深感忧虑，最终下令中央集团军群止步于斯摩棱斯克，然后分兵加强列宁格勒和基辅的进攻，加强他一直坚持的侧翼攻势。就这样，“巴巴罗萨计划”被更改的乱七八糟，毫无战略重点，最终以失败告终。现在看来，无论将进攻重点放在莫斯科方向还是基辅方向都比实际那样来回切换要好许多，希特勒和总参谋部在战略上的分歧带来了致命的后果。