1943年5月，德国潜艇部队在大西洋的破袭战中遭到了严重的损失，仅仅在这个月德国海军就损失了41艘潜艇，当时德国用于作战的潜艇总共有240艘，这相当于损失了德国潜艇部队25％的作战力量，而其取得的战果却远不如以前，仅击沉盟军船只50艘，战损比接近1：1，这种损失率是德国潜艇部队难以忍受的，身为潜艇部队总司令的邓尼茨必须暂停其在大西洋的作战，以便寻求新的应付越来越多盟军反潜力量的办法。

　　1943年9月，邓尼茨再次对北大西洋上的盟军护航航线发起了进攻，开局还算不错，以3艘潜艇的代价击沉了6艘商船和3艘护航军舰。但是此后的形势再次急转直下，几乎毫无斩获，而德国潜艇部队却再度损失惨重。到1944年1月份，德国潜艇部队只击沉了盟军8艘商船（5.6万吨）和6艘护航军舰，而自己却损失了39艘潜艇，这样的损失简直是灾难性的，邓尼茨不得不再次将潜艇部队撤出北大西洋，此后所有的德国潜艇都撤回基地，等待安装通气管，这种通气管可以缩短潜艇上浮到水面为电池充电的时间，从而降低了潜艇遭到攻击的可能性，超过半数的德国潜艇是在水面充电的时候被盟军反潜飞机炸沉的。

　　就在邓尼茨加紧为所有潜艇安装通气管时，盟军的入侵也迫在眉睫了，希特勒下令德国海军积极进行准备以应付盟军的登陆行动，邓尼茨不得不放弃了对盟军大西洋运输航线再度发起袭击的计划，将潜艇部队全部投入到海岸防御中，直到战争结束，德国潜艇部队再也没有回到大西洋。到6月份盟军发起登陆行动时，德国海军已经在法国和挪威的大西洋海岸线集中了73艘潜艇，但只有25艘安装了通气管，在阻击盟军登陆的作战中，德军潜艇部队击沉了7艘盟军舰船，而自身损失了10艘，德国潜艇部队无力阻止盟军的登陆。盟军占领法国后，德国潜艇部队在法国沿岸的一系列潜艇基地也就随之丧失了，潜艇部队全部撤向了挪威的基地，在北海和波罗的海海域进行作战，德国在波罗的海正在进行大规模的撤退行动，从海上撤回东线被合围的东线德军和德国难民。

　　邓尼茨的潜艇部队战绩最辉煌的时候就是在1942年，那一年盟军的船只损失速度远远超过了生产速度，差点输掉了这场大西洋之战，德军潜艇和盟军商船的交换比最高达到1：11，而到1944年及1945年交换比则只为1：1.5，从1944年邓尼茨下令撤出大西洋时，德国潜艇部队已经输掉了这场战争。