卡尔·邓尼茨担心遭到苏联的报复加之其他原因，才极力使德国向英国和美国投降。1945年4月29日，希特勒在柏林元首地堡签署了一份简短的文件，也就是他最后的遗嘱。遗嘱中强调，在他死后（不是投降）由海军上将卡尔·邓尼茨（Karl Dönitz）接任帝国元首以及武装部队最高统帅；同时任命宣传部长约瑟夫·戈培尔（Joseph Goebbels）为政府首脑（总理）。

　　第二天，1945年4月30日，希特勒自杀。紧接着5月1日戈培尔也自杀了。因此，邓尼茨成为即将崩溃的帝国政府唯一的代言人。

　　5月2日，邓尼茨领导的新政府逃往德国北部的弗伦斯堡（Flensburg），因此称为“弗伦斯堡政府”。当晚，邓尼茨发表全国广播讲话，宣布希特勒的死讯，并表示将继续在东部进行战斗，以避免德国被前进中的敌人——苏联布尔什维克消灭。

　　其实邓尼茨很明白，此时的德国已经毫无能力进行有效的抵抗。他将全部精力放在确保德国武装部队的忠诚度方面。在邓尼茨的“弗伦斯堡政府”成员中，有几名党卫军高官。如赫伯特·贝克（Herbert Backe），《der Hungerplan》（饥饿计划）的策划者，该计划旨在掠夺苏联的粮食来供给德国士兵和平民；奥托·奥伦多夫（Otto Ohlendorf）亲自指挥了在被占领的苏联领土上杀害数十万犹太人和苏联布尔什维克；威廉·斯塔克（Wilhelm Stuckart），“最终解决方案”的制定者之一；总之，在“弗伦斯堡政府”的350名成员中有230人是党卫军或其他安全部门的成员。这些成员的一致特征是强烈反对苏联布尔什维克主义。

　　另外还有一个原因，邓尼茨为防止《1918年11月11日停战协议》（也称“贡比涅停战协定”）不会重演。1918年10月29日至30日，德国柏林、慕尼黑等地相续发生“德国革命”或“十一月革命”。而德国革命受到“俄国二月革命”的影响（1919年4月，巴伐利亚苏维埃共和国成立后，使德国革命到达高潮）。

　　因此，德军统帅兴登堡急于求和。一战期间盟军最高统帅、法国元帅费迪南德·福煦（Ferdinand Foch）借此提出了相当苛刻的条件。面对德国国内到处发动的革命起义，对于如此苛刻的条件，德国代表只能表面上抗议，最后还是无可奈何的在协议上签字。

　　《贡比涅停战协定》最终给德国带来的后果是，极大的打击了德国经济，损害了德国人民的自尊心，因此导致希特勒上台，成为引发第二次世界大战的导火线之一。以上种种原因，加上邓尼茨害怕遭到苏联的报复，因而希望与西方盟国私下达成协议。并极力确保德军向英国或美国投降而不是向苏联投降。

　　邓尼茨的计划取得了一定的成功，使180万德国士兵避免成为苏联的战俘，估计多达220万人被成功撤离。并且，邓尼兹希望不惜一切代价执行《汉尼拔行动》（Operation Hannibal）。

　　《汉尼拔行动》是由邓尼兹发起的、历史上规模最大的海军撤离行动。从1945年1月中到5月，德国海军将德军军队和平民从库尔兰口袋、波兰走廊和东普鲁士撤往西部，以逃离所有即将被苏联占领的地区。

　　卡尔·邓尼茨表示：“拯救东部的德国人民是我们武装部队仍然需要完成的重要任务，如果我们不能保住他们的家园，那么我们至少可以保住他们的性命。”5月4日，代表邓尼茨的海军上将汉斯·乔治·冯·弗里德堡率领荷兰，丹麦和德国西北部的所有德国军队以及海军舰艇向英国陆军元帅伯纳德·劳·蒙哥马利爵士无条件投降。标志着第二次世界大战欧洲西北部战争结束。

　　5月5日，邓尼茨又指派弗里德堡前往盟军远征部队最高司令部与艾森豪威尔将军进行谈判，企图将剩余的所有德国军队全部交给西方盟国。但艾森豪威尔明确表示，反对将苏联排除在受降国之外，并威胁德国要中断所有谈判。

　　5月7日，德军总参谋长阿尔弗雷德·乔德（Alfred Jodl）代表邓尼茨在兰斯签署德国投降书。六个小时后，苏维埃最高统帅部的阿列克谢·安托诺夫将军答复，投降条款不可接受。苏联方面认为，最终的投降行为应明确表明，德国各武装部队高级指挥官签署投降协议，是在德军最高司令部的授权下，而不是所谓的邓尼茨“弗伦斯堡政府”授权。

　　在斯大林的坚持下，5月8日午夜前，德国陆军元帅威廉·凯特尔（Wilhelm Keitel）在柏林朱可夫元帅总部，代表邓尼茨签署了第二份投降协议书。5月23日，阿尔弗雷德·乔德、阿尔伯特·斯皮尔和卡尔·邓尼茨被盟军逮捕。