开庆元年(1259年)“九月壬寅朔,亲王穆哥自合州钓鱼山遣使以宪宗凶问来告,且请北归以系天下之望。帝曰:‘吾奉命南来,岂可无功遽还?’”还想把南宋彻底灭掉,但是当忽必烈的正妻察必派人告诉他,和林方面准备拥立阿里不哥的时候忽必烈才不再坚持,等到贾似道派人请和的时候忽必烈便顺水推舟答应了请和,随后挥师北上,于次年称帝。当忽必烈称帝的时候,他面对的不仅仅是一个阿里不哥,这时候来自窝阔台家族的海都成为了蒙古帝国草原部分的代言人。不过,忽必烈之所以击败海都,却是依靠的征服南宋以后所获得的人力物力资源。
至元四年(1267年),海都起兵反对察合台家族,到至元六年(1269年),已经占领了伊犁河流域和喀什。至此,自称为大汗的海都,恢复了从淳祐十一年(1251年)以来窝阔台家族就失去的权力。
不仅如此,海都还开始了一场长达30年的反对忽必烈的战争,并且几乎一度取胜。
海都取得的第一次大胜是至元十二年(1275年),他击败了忽必烈的第四子那木罕率领的大军,并在至元十四年(1277年)进军哈拉和林。
忽必烈
形势一度非常危急,忽必烈不得不把伯颜从南方召回。经过几场血战后,海都率军返回中亚。作为战争的后果之一,那木罕永久地失去了继承忽必烈帝位的资格。
十年之后,海都再次组织了一个广泛的反对忽必烈联盟:包括乃颜和哈丹,他们分别是成吉思汗幼弟铁木哥斡赤斤和二弟哈赤温的儿子。如果海都与来自东北的乃颜军队汇合的话,忽必烈有可能失去北方草原。
形势如此危急,72岁的忽必烈被迫亲自率军出征。
这一次,忽必烈再次依靠来自中原的步兵击败了自己的蒙古亲戚们。不过,海都再次发挥游牧民族的特点,远远退回中亚,使得忽必烈对他无可奈何。
忽必烈未能或者看到击败海都,当他于至元三十一年(1294年)驾崩的时候,海都依旧牢牢控制着杭爱山以西的西蒙古和突厥斯坦。大德五年(1301年),海都做了最后一次努力。他带领大军进攻哈拉和林,结果在次年8月在和林附近被元军击败。
不久之后,悲伤的海都在撤军途中死去。