清光绪二十六年（1900年）7月，在北方义和团运动如火如荼的同时，浙江衢州同样爆发了民间暴动，在杀死中西教士的同时，处处忍让、保护教会的地方官员也遭受了冲击。知县吴德潇一家便因“向与西人联络，此次更遵命保护（教会）”的罪名而被杀死。
教会、官府与百姓矛盾激增，“衢州教案”知县吴德潇惨遭灭门
清朝末年，随着西方势力的不断入侵，西方教会的势力也逐渐扎根于这片东方土地，因为有西方帝国在背后撑腰，一些教士和教民多有仗势欺人之举，而各地官府碍于西方帝国的压力，不仅不敢干预，反而处处忍让，这导致教会、官府与当地百姓之间的矛盾自此越积越深。
光绪十八年（1892年），衢县大旱，麻蓬教堂自持背后势力，擅自截断溪流，导致下游百姓无水可用。下游的石梁、静岩等村村民对此极度不满，于是便准备联合起来到麻蓬教堂讨要说法。得知消息的衢州天主教会总铎法国神父和安，当即便率领全体教民全副武装地前去应对，并排除教堂司事王蔼堂入城报官，以“刁民反教”为名要求官府派兵镇压。
西方传教士
迫于西方压力，大批官兵火速前往麻蓬保护教堂、教民，当场逮捕了静岩村的地保，训斥了两位举人出身的士绅，然后在静岩、石梁村张贴布告，禁止村民反对教会。斗争虽然最终以失败告终，然而长此以往，百姓对教会的怨恨只能越积越深。
光绪二十六年（1900年），北方义和团运动如火如荼，慈禧也利用义和团的声势发布密诏，命令各省“诛灭教会中西首领”。然而，东南各省却以保全东南治安为名，订立“东南中外互保条约”，拒不执行此令。然而，由于浙江巡抚刘树棠期间曾一度犹豫，导致慈禧的密旨已经由浙江臬司转令各府执行，衢州镇守司、都司也已经转知地方团练遵办。
同年七月，浙闽边境的民军起义，连续攻陷江山、常山等地，进逼衢州。衢州当地团练亦纷纷举事，并于21日涌入城内，拆毁教堂、袭击教士。江山县知县吴德潇被当地团练以“向与西人联络，此次更遵命保护（教会）”的罪名捕获，与其亲兵一起被押往道台衙门前杀死，随后群众冲入道台衙门，将吴德潇的儿子、孙子、幕友和家丁共30余人全部杀死。
“衢州教案”中十一名教士被杀，朝廷迫于西方压力惩戒官绅百姓
在当天的暴乱中，英籍传教士汤明心及其妻、子共4人，英籍石传教士和美籍马传教士等3名女教士，以及路经衢州城外的4名外国传教士被杀，城内天主教堂、基督教堂以及麻蓬村的天主教堂均被焚毁，其余中西教士则纷纷逃往杭州、上海等地。直到省军赶到，混乱才逐渐被平息。
刘坤一
“衢州教案”发生之后，浙江布政使恽祖翼当即致电盛宣怀，请其转请两江总督刘坤一“速派晓事大员，并带一营赴衢查办，将起意及下手各‘匪’悉数擒斩，以谢洋人，并为吴故令雪憾”。刘坤一随即致电江西巡抚松寿，令其派袁树勋带一、二营清兵由江西广信奔赴衢州，与浙江清兵一同会剿。
与此同时，英国驻沪总领事霍必澜通过浙江耶稣教内地会，派杭州耶稣教华籍牧师任芝卿负责调查衢州教案经过，尤其要他们注意搜集地方官绅中镇压不力者的情况。迫于西方压力，清廷于同年11月以保护教会不力为名，将浙江巡抚刘树棠、金衢严道台鲍祖龄等人革职查办。
霍必澜还以从上海“带兵赴浙”相恫吓，意欲“首须办有罪之官，次抵偿，次抚恤”。英国驻华公使也向清政府施加压力，要求惩办与教案有关的官绅。“以为当日滋事由其主使，必欲骈诛；并拟将众绅斥革，责令认摊赔款。”
麻蓬教堂
在英国的压力下，清廷不得不做出让步，金衢严道台鲍祖龄因拒绝保护英国教士而被充军新疆，都司周之德被处斩，浙江巡抚被刘树棠革职永不叙用，当地士绅郑永禧、郑锷、罗道樊等也遭斥革，肇事群众被杀40多人，其中14人枭首示众。赔款白银5万两，割地10亩给教案中被杀的教士筑墓和修建被毁教堂。
后因八国联军侵华，清廷作战不利，朝廷又于光绪二十七年（1901年）6月，诏令北京、天津、衢州等全国45个发生“诸国人民遇害被虐”的城市，停止文武考试五年。
