很多人都天然地以为，淳祐七年（1247年）的凉州会盟直接奠定了萨迦派在蒙元时期的政治地位。但实际上，凉州会盟的政治遗产相当短促，阔端虽委托萨迦派管理西藏事务，并规定各地方官吏都必须听从萨迦官员之命，不可触及刑律，擅权自立。只可惜，蒙古汗国政坛的风云变幻，瞬间就改变阔端和萨班的努力。
淳祐七年（1247年），经过艰苦博弈才登上大汗宝座的贵由汗，只干了两年就驾崩了。贵由汗死后，王后斡兀立·海迷失摄政三年。但海迷失只用了三年就将蒙古治理得天怒人怨。
淳祐十一年（1251年），蒙哥（托雷之子）趁机联合各部势力，在“忽里台”大会上被公推为新任大汗。蒙古汗国的“黄金家族”从窝阔台王系转入了托雷王系，随后蒙哥大肆清洗窝阔台王系成员和支持者，几乎将窝阔台系统连根拔起。
作为窝阔台的儿子，阔端凭借之前与蒙哥良好的私人关系逃过此劫。蒙哥也非常“仁义”地保留了其在凉州的封地和所属权益。但窝阔台王系的没落让阔端家族终将边缘化。
更为雪上加霜的是，就在这一年，萨班和阔端先后去世。几乎在一夜之间，萨迦派不但失去了最高领袖，也遗失了蒙古国内强力政治人物的支持。
年仅17岁的八思巴在接任了萨迦法王之位后，不得不面对一个极为复杂和尴尬的局面。
八思巴的困局
淳祐十一年（1251年），身在凉州的八思巴面对着一个极其复杂的局面。
一方面，蒙哥汗依旧借助萨迦派的影响力，在西藏推行括户（清查户籍）等施政措施。另一方面，他也开始逐步将西藏各处的土地，分封给各位蒙古王公。
蒙哥分封西藏土地的做法，从原则上符合蒙古人“兄弟共享富贵”的传统，因为深受各蒙古宗王的拥护，在一定程度上稳固了蒙哥汗的地位。
而从管控西藏的角度解析，则更接近明朝治藏策略的“多封众建”思路。
这一策略简单说就是“掺沙子”，让各教派分别迎奉不同的蒙古宗王，进一步加剧各派之间的裂隙，使其愈发难以形成合力。
《汉藏史集》记载说:“蒙哥汗与止贡派结为施主与福田，忽必烈（薛禅汗）与蔡巴派结成施主与福田，阿里不哥与噶玛派结为施主与福田，旭烈兀与止贡派结为施主与福田。”
当这一法宝祭出后，西藏各教派领袖为了自身的存在和发展都不得不与蒙古皇室建立起直接的联系。从此以后，无论哪一个教派和地方势力要掌控西藏，都必须争取中央王朝的支持。这反倒加强了西藏与中原的联系，而中央政权只需要扶植这些人作为代理人，就能保证疆土的完整和边疆的安宁。难怪当代著名的藏族学者东嘎·洛桑赤列教授指出：“把西藏真正统一到蒙古汗国之中，是蒙哥汗在位时完成的。”
但蒙哥汗的治藏思路，对萨迦派来说显然不是件好事。
虽然蒙哥依旧将萨迦派划分给了阔端的后裔掌管。但相比于围绕在蒙哥亲兄弟身边的各个教派，萨迦派的“代言人”地位已被削弱到了极点。
年轻的八思巴感觉到了这种变化，为了萨迦派的发展，他也不得不寻找一个更强力的支持者。
因此，在成为萨迦法王后，他并没有返回西藏，而是留在凉州一边学习佛法，一边仔细观察各位蒙古王公的所作所为，很快一个机会就降临在他的面前。
第一次不亲密的接触
宋理宗宝佑元年（1253年），八思巴得到了忽必烈的传召。
当时，忽必烈正在筹划进攻云南（大理）的计划，为了解藏区的情况，忽必烈派人将八思巴召至六盘山见面。
两个友谊贯穿一生的朋友，第一次见面的气氛开端相当融洽。
虽然，八思巴19岁的年纪，让忽必烈一度心存疑虑。但随着交谈的深入，忽必烈发现八思巴对于佛学有着独特的认识和见解，这让他大为赞叹。但当忽必烈要求八思巴在西藏，为蒙古军队筹集所用的物资和征夫之时，会谈的气氛急转直下。
面对忽必烈的要求，八思巴回答道：“西藏只是一个偏远的地方，地广人稀，难以支撑大军所需，还请收回成命。”八思巴的回答顿时触怒了忽必烈，他狂暴地咆哮道：“你敢犯我蒙古虎威，你活腻了吗？我刀锋所指，挡者披靡，如沸汤泼雪，现在不过就是要你们提供点物资和随军征夫，你便推三阻四。”八思巴见状，平静地摇摇头说：“我实在是帮不了大汗，请您允许我回到故乡去吧。”盛怒之下，忽必烈拍案而起，大声吼道：“你给我滚出去。”
黯然回到帐中的八思巴，开始收拾行装，准备第二天便离开六盘山。
当晚，忽必烈的王妃察必劝慰道：“我看这位年轻的法王，讲法非常精湛，先前蔡巴老僧们的见解都不如他，请大汗不要让他离开。”忽必烈愤愤地说：“他对佛学确有独到之处，但不愿为我所用，留他何益？”察必笑了笑，说道：“大汗兴兵，难道缺的真是物资和征夫吗？这对大汗都是小事，这件事他心里有抵触，并不代表其他的事不能合作呀。”忽必烈沉吟片刻道：“好吧，明天一早你和我一起去见他。”
在王妃的斡旋下，忽必烈和八思巴逐渐建立起了信任。王妃察必还接受了八思巴的“灌顶”，拜他为上师。“灌顶”，本是印度古代的一种仪式，国王即位时取四大海之水灌于头顶而表示祝福，后来佛教密宗也采用这种仪式。佛教的灌顶，主要有传法灌顶和结缘灌顶两种：传法灌顶是“对于如法积行之人，传授密法，使绍阿阇梨职位”之灌顶；结缘灌顶是“唯为使结佛缘，引人一般之人十灌顶坛，使投花而授其本尊之印与真言，无秘法之授受”的灌顶。八思巴给王妃察必传授的灌顶当属结缘灌顶。传授灌顶，使八思巴成为王妃察必在佛教上的老师。
渐行渐近的盟友关系
王妃察必在接受了灌顶后，感觉颇受其益。
她劝说忽必烈也受此灌顶仪轨：灌顶“果然胜于其他教法。请王受之。”
但身为汗王，忽必烈接受灌顶并不是一件简单的事情。
在向八思巴询问灌顶仪轨时，八思巴说道：“受灌顶之后，上师坐上座，要以身体叩拜，听从上师之言语，不违上师之心愿。”忽必烈听后，马上表示不能接受，担心会使“教权置于王权之上”，又是王妃察必出来斡旋。她说：“听法人少之时，上师可以坐上座。官员、臣民聚会时，上师慈悲恐怕不能镇服，汗王坐上座。吐蕃之事悉听上师之教，不请于上师绝不下诏。其余大小事务，上师不得讲论及求情。”王妃察必提出的确实是一个折中的办法，她将八思巴的上师权力限制在了可控的范围。
明确了王与上师的权利边界后，忽必烈和八思巴达成了妥协。
任何一种妥协的达成，都基于双方互相需要。八思巴需要一个强力的汗王的支持，因为在蒙古的势力版图中，蒙哥汗明显对噶举派更感兴趣，萨迦派只能别寻他途。
在这里，需要明晰一个长期存在的误区。
西藏各个教派中，并不是只有萨迦派主动联合了蒙古势力，进而成为蒙古政权在西藏的“代理人”。
早在凉州会盟之前，西藏各教派就已经开始，分别和各蒙古势力进行了接触，寻找可以依附的对象。
东嘎·洛桑赤列先生在《论西藏政教合一制度》中记载：“1239年，萨迦联系了王子阔瑞，帕木竹巴和雅桑噶举两派向王子旭烈兀（拖雷之子，蒙哥和阿里不哥的兄弟）投诚，止贡和藏古瞙两派向王子忽必烈投诚，达隆派向王子阿里不哥投诚。”
其实，大家都在找靠山，唯一区别是靠山不同。
而凉州会盟的成功，确实让萨迦派深受其益，阔端除明确其“代理人”地位，还将除了阿里三围以外的拉堆南北两地、古摸曲迷、襄、夏鲁、羊卓等七个万户的地区，属民一万零八百八十五户直接封给了萨迦派。
古人说“天下攘攘，皆为利往”，教派也是由人组成的，萨迦派深受其益，眼红心热自然少不了。之后，蒙哥汗的“多封”计划，更加剧了寻求强力支持的举动。
八思巴在权柄甚重的忽必烈身上下注，本身无可厚非。作为一派的领袖，全教僧众的希望都寄托在他身上。很多时候，他甚至不能以各人的好恶，来决定取舍。另外，从忽必烈本人来说，因长期接触汉人、回鹘人和色目人，其在一定程度上，表现出了“多文化共生”的倾向（蒙古人认为是“汉化”）。
宝佑元年（1253年），八思巴为忽必烈传授了萨迦派的喜金刚灌顶，正式成为忽必烈宗教上的老师。这是蒙古王公，第一次接受藏传佛教“灌顶”的仪轨。
随后，忽必烈封八思巴为“国师”，赐玉印，奉献黄金及珍珠镶嵌的袈裟、僧衣、金座、伞盖等作为灌顶的供养。
忽必烈的选择权
作为合作关系的强势一方，忽必烈显然拥有更充沛的选择权。他是不是一定要和萨迦派合作呢？答案是——不一定！
在南征云南期间，忽必烈发现噶举派在康巴的势力远超萨迦派，便召噶玛拔希（噶玛噶举派）在川西北的绒区色都地方相见。
二人见面后，相谈甚欢，忽必烈希望噶玛拔希留在他身边长期相伴。但噶玛拔希似乎对忽必烈不是很感兴趣。很快便辞别了他，去宁夏、甘肃、内蒙等地传法。在此期间，噶玛拔希接到了蒙哥汗的诏书。他欣然从命，随使臣到达和林（蒙古汗国首都），受到蒙哥和阿里不哥的宠信。
蒙哥汗封其为“国师”，赐金印、白银，还赐给他一顶金边黑色僧帽，这就是噶玛噶举派中黑帽系传承的来源。
严格意义上说，蒙哥汗封的“国师”，才是正经八百的国师。忽必烈身为一个宗王，封八思巴为“国师”，多少有僭越之嫌。
应该说，噶玛拔希的选择并没错，毕竟身为蒙古大汗的蒙哥，才是当时最大的靠山。只可惜，噶玛拔希没法预测所有人之后的命运，也包括他自己的。
得到了蒙哥汗的青睐，噶玛噶举派获得的权力和利益已超过萨迦派，隐隐有独领全藏之势。开庆元年（1259年），蒙哥汗亲征合州（今重庆合川区），意外死于钓鱼城下。随后的事情，就是常演不息的争权大戏了。
两个蒙古宗王分别举行了推选大汗的“忽里台”大会。
景定元年（1260年）4月，阿里不哥在哈拉和林被蒙古本土贵族，推举为蒙古国大汗。而5月5日，忽必烈在部将的拥立下，于中原开平成为蒙古大汗。两个大汗并立，结果必然是拔刀相向，在长达四年汗位之争中，蒙古人自己杀得血流成河。最终，忽必烈胜出，将战败的兄弟囚禁致死。
倒霉的噶玛拔希在蒙古帝国权力的变幻中，先是选择了蒙哥汗，而后又跟阿里不哥站在一起。这导致忽必烈坐稳大位后，“忽然”想起了他。先是将其长期囚禁，并一度考虑杀了他，最后虽考虑到噶玛噶举派的影响力将其释放，但此后噶玛噶举派备受打压，直到元末才算恢复了元气。
噶玛拔希被释放后，辗转8年才回到西藏。为了巩固其教派的势力，免于被其他教派吞并、瓦解，噶玛噶举派第一次采用了活佛转世制度，这实际上是活佛转世制度，出现的根本原因。
八思巴的选择
噶玛拔希和忽必烈的取舍向背，不是八思巴能左右的。但当忽必烈行走在刀锋边缘时，八思巴却坚定地站在了忽必烈身边。
随着蒙古汗国疆域的不断拓展，蒙古人内部逐渐撕裂为两派。其实，从此时期开始，蒙古人就已出现了“左右两翼”的倾向。
一部分以忽必烈为代表的蒙古人，在长期接触中原汉族士大夫的过程中，逐渐倾向于中原的固有的文化和管理方式。而另一部分以蒙哥汗和阿里不哥为代表的蒙古人则坚持固有的草原传统，行事非常保守，对忽必烈的“汉化”倾向极为反感。
宝祐五年（1257年），在蒙古保守势力的怂恿下，蒙哥汗突然决定对忽必烈下手。
他借着南下攻宋的机会，以“以忽必烈有足疾为由，解除其军权”，并将他手下的大臣拘押严刑拷问，意图“先除羽翼，后治魁首。”一时间，风声鹤唳，亲近忽必烈的势力纷纷侧目。
就在这种危局之下，八思巴坚定地选择站在忽必烈身后，一边用佛学的解释来宽慰他的心灵，一边又亲自赶赴五台山，为他单独举行祈福法会。
最终，在八思巴和大臣的劝说下，忽必烈决定向蒙哥汗展现“诚意”。他只带着二十个卫士，亲自奔赴大汗营帐。
见到蒙哥后，忽必烈言辞恳切的伏地“请罪”，并表示已将“家人送至和林为人质”。蒙哥汗总算顾念兄弟之情，大度地“宽恕”忽必烈，但此事在他心中造成了巨大的阴影，直接诱发了蒙哥汗死后，两次推举大汗的“忽里台”大会。
忽必烈无论如何也不敢将身家性命，放在行事更为保守的阿里不哥手中。
景定五年（1264年），历时四年的血腥汗位之争落幕，忽必烈凭借另一个兄弟旭烈兀的支持，成了名义上的蒙古大汗，并将都城从和林格尔迁至北京。
在危机中，一直坚定支持他的八思巴终于获取了忽必烈一生不变的友谊。而且，忽必烈也确实兑现了“吐蕃之事悉听上师之教，不请于上师绝不下诏”的承诺。
忽必烈尊八思巴为“国师”（这回可是正经八百的国师了），授宣政院首位总制，“赐玉印，任中原法主，统天下教门。”
忽必烈设置的宣政院，本就是为了管理全国的宗教事务，监管藏区事务。当八思巴以国师身份统领宣政院，实际上已获得了西藏地区政教大权。同时，这也意味着，藏传佛教跟随着忽必烈来到了中原腹地，并在元朝的版图上开枝散叶。
为了能够让八思巴更好的管理西藏事务，忽必烈改变了蒙哥汗“分封”政策，转而全力扶持萨迦派。
他将蒙古各王公在西藏委派的守土官（达鲁花赤）全部召回。只保留了支持者旭烈兀名下封地的守土官。
藏文史料《大司徒绛曲坚赞自述》记录这段史实：“此后，当蒙哥汗归天之后，薛禅皇帝（忽必烈）在位之时，将在西藏的所有守土官撤间，由于薛禅汗与旭烈兀的兄弟关系特别亲密，所以我们(帕竹派)的守土官仍然保留。”
裁撤守土官之后，萨迦派在经过蒙哥时期的波折后，再度当仁不让地成了蒙古人在西藏唯一的指定“代理人”。
此时，距离阔端与萨班的凉州会盟，已过去了整整17年。
