所谓“朵颜三卫”，指的是于明朝洪武二十二年（1389年）五月，明廷为了安置大量的蒙古降人，设立朵颜、泰宁、福余三卫于兀良哈之地（大致在以今嫩江为中心的区域），所以又称兀良哈三卫。设立三卫是明朝取代元朝统治之后，防御北元政权南下，加强边地统治的重要举措之一。《四镇三关志》载：“二十二年，以降众胡，诏兀良哈地置三卫于横水之北，曰朵颜，曰福余，曰泰宁，以降胡脱鲁忽察儿、海撒男奚、阿札失里为三卫头目，世官指挥同知为藩。”
“朵颜三卫”在设置之后，在明朝的国力处于上升期时，一度非常恭顺，在洪武年间和永乐的前、中期确实起到了抵御北元和鞑靼的作用。在靖难之役中，又出其部落的蒙古骑兵帮助明成祖夺取皇位，可以说是从龙之臣，为了封赏三卫之功，明成祖将大宁卫内徙，将旧大宁之地割予朵颜三卫驻牧。《明史》说：“成祖复选其三千人为奇兵，从战。天下既定，徙宁王南昌，徙行都司于保定，遂尽割大宁地畀三卫，以偿前劳。”
得到在旧大宁驻牧的许可，朵颜三卫不断南下，与明朝的蓟镇相邻，在之后也给明朝的边防带来了不利的影响。在当时的蒙古草原还并存着鞑靼和瓦剌两方，这两方彼此展开混战，还时不时袭扰明边，而朵颜三卫虽然臣服于明朝，但实际上心有不甘，往往会在瓦剌、鞑靼、明朝三方之间左右骑墙。具体在永乐年间，与明朝的关系开始走向不稳定。所谓“当成祖之世，已烦驾驭，厥后更为叵测”。在永乐十七年（1419年）之后，勾结鞑靼阿鲁台，屡次进攻明边，不胜其扰的明成祖于永乐二十年（1422年）率军北征，重创朵颜三卫。“上率骑追奔三十余里，抵其巢，斩首虏数十，生获其党伯儿伯克等，尽收其人口、牛、羊、驼、马，焚其辎重兵器。”
其后，朵颜三卫与阿鲁台关系破裂重新归附明朝，但又于宣德三年（1428年）再次反叛，被明宣宗击破，是为宽河之役。而此时鞑靼部汗王阿鲁台继续攻打朵颜三卫，为了自保，又一次归附明朝，得到了明宣宗的宽宥，“诏蠲三卫罪，以自新”。
在明朝的打击下，鞑靼势力衰退，瓦剌部趁势而起，瓦剌部也先一代枭雄，志在统一全蒙古并恢复“大元天下”，驻牧于蓟镇边外的朵颜三卫自然是其统战对象。大致在正统九年（1444年）之前，也先开始了对朵颜三卫的拉拢工作，娶泰宁卫首领拙赤之女为妻，以朵颜三卫为耳目，刺探明朝动向，“阴为之耳目”，正统十四年（1449年），在朵颜三卫的协助下，又酿成了明朝建国以来的最大惨剧，即土木堡之变，所谓“土木之变，颇闻三卫为也先向导”。当然，也先并不满足对三卫的控制，而是想彻底吞并，于是在进攻明朝的同时也开始攻杀三卫，朵颜、泰宁不得已投降瓦剌，福余远避脑温江。与此同时，由于不满也先统治，朵颜三卫开始重新与明朝交好，将瓦剌的情报输入明朝，并请求准许在紧急情况时，“得近边屯牧”。
也先死后，鞑靼再次崛起，鞑靼的最高权力为权臣孛来所掌握，在孛来的拉拢下，朵颜三卫又与其勾结了起来，双方联合对明朝的边境进行骚扰。“己亥，报虏孛来纠朵颜三卫窥边。”“三月，申朔，虏孛来构朵颜三卫苦堆等九万余骑入辽河。”
成化初年，鞑靼另一权臣毛里孩起兵攻杀孛来，于是朵颜三卫又“西附毛里孩”，与其一起进犯明境。其后鞑靼满都鲁汗、亦思马因汗，相继崛起，不停地蚕食朵颜三卫，在他们的打击下，朵颜三卫处境极其困难，所谓“三卫达子近被北虏抢杀，备极艰窘”。成化十六年（1480年），蒙古中兴之主达延汗巴图蒙克继位，在他主政后，开启了统一战争，打破了蒙古四分五裂的局面，将蒙古各部统一，此时朵颜三卫就成了达延汗治下的六万户之一，即兀良哈万户。
在达延汗死后，由于草原分封制的不稳定性，蒙古重新进入了分裂局面，蒙古各部又开始互相攻杀，蒙古本部大汗直属部落察哈尔部首领达赉逊库登汗（达延汗重孙，明人称之为打来孙）因被蒙古右翼万户土默特部首领阿勒坦（俺答）和鄂尔多斯部首领巴尔苏·博罗特（吉嚢）逼迫，不得不迁徙部落于辽东，察哈尔万户的迁徙，给朵颜三卫带来了第一次重大打击，察哈尔万户开始兼并三卫中的福余卫和泰宁卫。根据明朝奏报显示在嘉靖三十年（1551年），察哈尔万户就已经开始了兼并战争。“近年小王子打来孙侵于三岔，与泰（泰宁）仇杀，避入夹墙，亦已复故地矣。三卫贡口如常，初未告警。其在辽属夷称虏患者，即二卫。”
不过攻杀泰宁、福余卫的可不仅是察哈尔部，还有内喀尔喀和科尔沁部也开始对上述二卫进行吞并，基本在万历年间以后，二卫已经融入以上三部。
而三部之中最强的朵颜部从嘉靖三十一年（1552年）开始，也处于东西蒙古的剿杀中。土默特部俺答汗、喀喇沁部老把都、察哈尔部聚众边外，“虏俺答、把都儿、打来孙等聚蓟州近边，谋犯喜峰口”，但是这三部并未对明朝进行进一步侵犯，倒是在同一时期朵颜三卫向明朝告急，由此可知土默特、察哈尔、喀喇沁这三个万户已经开始了对朵颜卫的兼并战争，以下是嘉靖三十一年（1552年）的巡抚吴嘉会的奏报。“朵颜三卫夷人近因北虏逼胁，般移邻边躲住，日逐乞赏不绝，乞议发银两济用，等因，各到臣。”
在嘉靖三十四年（1555年），从明人的奏报上看，朵颜卫已经基本被吞并完成，已经和蒙古本部合流，进犯明边，所谓“往年外夷尽被胁从，部落远徙，或为向导，或随抢掠”。
蒙古本部不仅用武力控制朵颜三卫，还与其进行双向联姻加快朵颜三卫的融合程度，即蒙古本部的公主嫁给朵颜三卫贵族，而朵颜三卫贵族的公主给蒙古封建主做妾，这种双向联姻导致蒙古本部和朵颜三卫的关系更加紧密。“其种最贵者为之婿，虏酋岁至祭天以往来其部落。而次则奉女为嬖只，嬖只者，妾也。”
而明朝由于嘉靖年间，军事力量急剧衰退，根本就没有能力干预蒙古事务，只好坐看朵颜三卫被蒙古各部融化吞并，当然这也是朵颜三卫的唯一选择。“嘉靖中，与北虏未婚媾，时时导虏寇边。诘之，辄支吾对：“我中国不能为我主，与婚女媾求好而已。””
所以“朵颜三卫”在明朝中后期的时候就已经被土默特部、察哈尔部、喀喇沁部、科尔沁部、内喀尔喀部瓜分吞并，融入蒙古本部之中。其实在明末清初时，明人的史籍里就有“朵颜三十六家”的称呼，“三卫”变成“三十六家”也能看到明人对朵颜三卫被各部瓜分的情况是稍有了解的。
当然，最后漠南蒙古被清朝征服，那些并入漠南蒙古的朵颜三卫部众自然也成为了清廷管治下的蒙古人众，所谓“明未亡而插（察哈尔）先毙，诸部皆折入大清”。
