我国社保体系分为职保与居保（包含新农保）。从缴纳与收益分析，职保缴费高但收益也高，新农保缴费低收益也低。如果你父亲没有档案，一般无法在户口所在地人才或职介参加灵活就业职保。你目前以个体工商户名义缴纳的应该是五险，单位与个人部分都由自己承担，五险中养老保险费率最高，单位加个人达到28%左右。

　　结合以上情况，给你测算一下缴纳职保未来的养老金收益，供你参考：从投资收益分析，职保大于农保，但缴费也高，比如按照最低基数缴费，职保平均1300元/月，15年共缴费23.4万元，养老金计算比较复杂，目前以统账结合的方式计算，要考虑缴费基数、缴费年限、当年社平工资和缴费指数等等。

　　假设，退休当年月社平工次10000元，如果你父亲一直按照最低基数缴纳社保，平均缴费指数为0.6，缴纳了15年……，计算过程略过……，退休金大约为1650元/月，假如按照国家平均年龄78岁计算，一共25.74万，大于缴费金额23.4万元，同时还没有计算国家每年上调的养老金部分。新农保的养老金低，上调慢。 所以，建议优选职保次选居保。