602年，八月二十四日午夜，独孤皇后于永安宫奄然而逝，这对垂暮隋文帝的打击是毁灭性的，她的死标志着其大展宏图时代的结束。皇后崩年五十九，“年过五十不称夭”，在当时社会条件下也不算低寿。然而时年六十二岁，和她整整做了四十五年夫妻的隋文帝仍像个热血冲动的热恋少年，纵情而放肆地追怀着他深爱的妻子。
也许是皇后从病发开始起，隋文帝早已失魂落魄得人尽皆知。皇后刚刚去世，一位天竺高僧声称皇后是被诸神佛迎接到西方阿弥陀净土，悲喜交集的隋文帝激动之下赐物两千余段。这种数额的赏赐一般只有身死王事、忠义节烈立下巨大功劳的人才能得到。要何等深厚的恩爱之情，才会让他傻傻地用这种不经之语来麻醉自己。
独孤皇后的丧事规格之高，是异常罕见的：皇后丧事由隋朝尚书左仆射（也就是宰相）杨素亲自负责。皇后的丧仪史书没有记载细节，不过从佛教典籍里透露的一鳞半爪，可以想象当初葬礼的盛大。根据《续高僧传》等记载，“献后之丧，福事宏显”。皇后去世后，隋文帝即召高僧大德五十余人进宫，在皇宫内举行了七七四十九天的宏大法会超度皇后亡魂。
隋文帝一反自己勤俭朴素的作风，为纪念笃信佛教的爱妻独孤伽罗，并为其祈祷冥福，耗费巨资修建了一座天下最大的禅定寺。由于该寺规模太过壮丽，一直到隋炀帝时期才完工。禅定寺占地900余亩，面积60多万平方米，现今的故宫面积也不过72万平方米。
隋朝为独孤皇后上谥号为“献”，根据《逸周书》对谥法的解释，献者：聪明睿智曰献、贤德有成曰献、智能翼君曰献。同年闰十月，隋文帝又做了一件相当震撼的举动：晚年迷信、已经62岁的他，决定亲自为妻送葬。术士萧吉劝谏和告诫道：“根据阴阳书，皇帝今年送葬对自身是不利的”。
隋文帝却置之不理，垂暮的他冒着严寒亲自奔波了数百里把爱妻送到太陵陵园。当初他把14岁的小新娘伽罗接回来，她从此成为了他血肉相融的一部分，如今阴阳两隔，他要陪着心爱的伽罗走完人生最后一程。仁寿四年七月，隋文帝病逝，十月帝后合葬太陵。
