《万历十五年》中，除了描写万历皇帝，张居正和申时行，为读者们解开万历皇帝几十年不上朝的谜团，其中还写了海瑞，戚继光。在讲戚继光一回中，《万历十五年》点明了明朝时，东南沿海倭寇泛滥的原因：

　　海盗自古有之，即使现在社会，也还有索马里海盗，而明朝时的倭寇，为何不曾为海盗呢？原因是倭寇和海盗有很大的区别，首先海盗是乌合之众，他们聚集在一起，目的只有一个，那就是抢劫财物，一旦目的达到，海盗就会散去，而倭寇不同，倭寇还会登陆，登陆之后他们会建立根据地，甚至还会围攻沿海附近的城池。

　　倭寇入侵有一个主要原因，就是贸易，明朝虽然是明文规定禁止民间海运经商的，但是到了后期，这只是一纸条文，东南沿海的走私贸易，一直就偷偷存在。这就导致不同国家的冒险家纷纷而来，久而久之，就形成了为此海上贸易的霸权——海盗。

　　而日本来的倭寇，他们相比于海盗，有两大优势，一种是战术上的优势，他们有统一的领导，是职业化的武士，相互呼应，协同作战。

　　一种是武器上的精良，他们擅长使用一种长不过五尺的双刀，一片刀光之下，可以在一丈八尺之内，杀伤敌人，此外他们还使用改良后的弓箭，标枪，根据戚继光描述，最早的火器鸟铳也是倭寇传过来的。

　　明朝的倭寇，有两个特点：第一，倭寇除了来自日本的冒险武士外，还有很大部分是明朝自有的海盗，也就是说，倭寇并不全部是日本人，还混杂着一些明朝人，有些倭寇团队中，明朝人还占多数。

　　第二，倭寇一旦登陆成功，当地的明朝人，有些会被威逼利诱下，参与他们的行动，例如有些海盗头目，会与当地的士绅相互勾结，甚至会联姻，当然，也有些明朝人被押往日本，当奴隶卖。