宋南安太守杜宝之女杜丽娘正当青春年华，但受封建礼教的束缚，心情深受压抑。一天，她在丫环春香的鼓动下游览了府中的花园，花园中百花争艳的美丽春色深深地触动了她的心。于是，她抱怨父母只知选择门当户对的女婿，而使自己青春虚度，深埋于内心中的感情也找不到可以倾诉的人。在这种苦闷的心情下，她昏昏入睡进入梦境。梦境中，她在花园里遇到了青年秀才柳梦梅，两人一见倾心，互诉爱慕之情，共成云雨之欢。她的真情在梦中得到了无拘无束的表露，然正当两情绵绵难舍难分之际，杜母进房叫醒了丽娘，打断了她的美妙梦境。此后，杜丽娘因难忘梦中恋人，再寻而不可得，终于郁闷成疾，相思而死。这是恰逢杜宝奉旨升迁，命他立即北上镇守淮阳，只得暂时把杜丽娘埋葬在花园内梅树下，并把花园改为尼庵（梅花庵）。

　　三年后，青年秀才柳梦梅在进京赴考途中，路经南安，偶感风寒，暂寄梅花庵养病。一天，他散步至花园，在假山石下拾得一幅画卷，展开一看，原来是杜丽娘生前病中的自画像，上有题诗曰：“……他年得傍蟾宫客，不在梅边在柳边”。诗意暗示着杜丽娘将来要嫁给姓柳的或是姓梅的。柳梦梅从前并不叫梦梅，是他曾得一梦，梦至一花园，见一美女站在梅花树下，含情脉脉地对他说：当你遇到我后方有姻缘之分，发迹之期，从此他才改名为“梦梅”。他的姓名中既有柳字又有梅字，所以当他看到此诗和画后，浮想连翩，相思之情陡起，日夜顶礼膜拜，亟盼早得相会，那怕是在梦中一会也好。柳梦梅的真情，感动了杜丽娘的游魂，她不顾一切地前来与他幽会。在人与鬼的幽会中，他们摆脱了现实世界中的种种拘束，尽情表达相互间的爱情，双双对于盟誓，认为百年夫妻。情真意深的爱情，终于使杜丽娘起死回生。

　　之后，柳梦梅赶考完毕，没等到发榜就拿着画卷去找杜宝认亲，谁知却被当作盗墓贼而受拷打，而当还生的杜丽娘到来时，杜宝又认为妖精而不予相认。最后，由皇帝出面调停，以传统的大团圆结束全剧。

　　《牡丹亭》写“情”也，这已由作者在“题词”中表明，也是古今评论家的共识。然而，《牡丹亭》中所表达的“情”，绝不仅仅是杜丽娘、柳梦梅两位青年之间的这段爱情故事而已。汤显祖通过此剧是讴歌人本性中所具有的真实感情，揭示现实社会生活中人的真实感“情”与维护社会伦理纲常的“理”之间的矛盾和斗争。

　　明王朝奉程朱理学为学术的唯一正统、为维护社会伦理纲常的理论基础，以理学取士，以理学教民。程朱理学尊“天理”（以三纲五常为核心的封建礼教）而抑“人欲”，其流弊一至于凡事“恒以理相格”，即事事都要用“天理”来衡量一番，而不问其是否符合人的真实感情。诚如汤显祖在《牡丹亭题词》中所尖锐指出的，那些囿于理学藩篱的人只会说“这是天理所绝不允许的”，那里知道“这在人性真情中是必定有的”（“第云理之所必无，安知情之所必有邪”）！肯定人性中必定有的真情，破除“恒以理相格”的藩篱，这就是《牡丹亭》一剧的中心主旨之所在。

　　《牡丹亭》中反映出来的这一主旨，是与汤显祖生活的时代（十六世纪）密切相关的。中国封建社会发展到明代中后期，其内部矛盾日益尖锐，在社会经济生活中已缓慢地萌发出了某些资本主义性质的生产关系因素，市民阶层的生活方式和思想观念也开始在社会上发生相当的影响。传统的程朱理学，已难以象原来那样起到维系人心、巩固封建统治秩序的有效作用。于是，在一部分知识分子中出现了一股怀疑程朱理学绝对权威的思潮，并进而对程朱理学以理制情的理论发出了某种抗议和批判。王阳明心学理论的出现，是一个重要的标志。

　　艺术的批判不同于理论的批判。理论的批判是要以理服人，而艺术的批判则是要以情感人。在中国传统文化中，戏剧历来有“高台教化”之称，即通过戏剧艺术的演出来影响人的思想，转变社会的风气。汤显祖是十分重视戏剧的这种社会教化作用的，而且认为戏剧是他“讲情”思想的最好表达方式。相传曾有人对汤显祖说：以你的辩才而登教席，绝不在周、程、朱之下，可是我为什么留恋于歌舞戏剧之中，岂不要让学子们见笑？汤显祖回答说：这是因为你讲的是性的问题，而我讲的是情的问题。《牡丹亭》中深刻的思想主题正是通过高超的艺术传情手法体现出来的。

　　在《牡丹亭》中，汤显祖通过编织梦和醒、死和生等曲折离奇的故事情节，突显出理想与现实、情与理之间的矛盾。作者十分喜欢写梦，也十分擅长于写梦。在他人的四部戏剧作品中，“梦”都是故事结构中的重要环节，并由梦而搬演出一场场曲折离奇、引人入胜、感人肺腑的戏来。汤氏在解释他的剧作中为什么都离不开梦时说：“因情成梦，因梦成戏”（《汤显祖集》卷四十七《复甘义麓》）。这是说，梦是情的反映，写梦也就是写情。所谓“因情成梦”，也就是人们常说的“日有所思，夜有所梦”。梦是一个人的事，梦中的景象也只有做梦者自己知道，因此，梦中之境不需要有任何的掩饰。梦境是人们内心最真实情感的表露，一个美丽的梦通常是一个人的追求和向往的反映。

　　汤显祖正是运用了梦的这种特点，安排了杜丽娘与柳梦梅的梦境。柳梦梅的梦写得十分简单，只是通过他自己的叙述交代一下，为以后他与杜丽娘的相会设一伏笔。而对杜丽娘梦则编写得细致入微，有声有色。剧本《惊梦》一折，从丽娘游园写起，细致地描述了她如何因园中之景而引发起埋藏于内心深处的感情。其中，[山坡羊]一曲，丽娘倾吐内心之幽怨，情真意切、缠绵悱恻，听者将无不为之动容。丽娘正是由此“情”因而进入梦境的。接着，在梦中，丽娘在美丽的花园里见到了她心目中向往的情人。其间虽然免不了少女初次与异性接触的羞涩，但她却大胆地投入情人的怀抱，两情交融，畅其欢快。然而，正当丽娘在梦中与柳梦梅难舍难分之时，却被杜母的到来而打断，而且当她醒来之后，立即遭到了杜母的严辞教训，要她遵循“女孩儿只合香闺坐”（《慈戒》一折中杜母语），不得超越礼教藩篱一步。这里，汤氏通过这一梦一醒的情节安排，显示了理想与现实、情与理的强烈对比，激发起人们对“恒以理相格”的现实生活中封建礼教的抗争。