《名侦探柯南》中最受人关注的部分还是柯南的真实身份，江户川柯南是个不存在的人，他的真实身份是高中生侦探工藤新一。因为他是被黑衣组织的琴酒灭口了，所以他必须要制造自己死亡的假象，对外宣称工藤新一已死，自己以江户川柯南的身份待在毛利家。要时时刻刻小心谨慎，以防自己暴露。

　　然而，还是有不少人知道了柯南的真实身份，比如黑衣组织的成员：贝尔摩德和爱尔兰威士忌，只不过这两个人，一个是柯南的干妈，另一个则是被琴酒给干掉了。除了黑衣组织外，世良真纯、怪盗基德、服部平次等很多人都以各种各样的方式发现了柯南的真实身份就是高中生侦探工藤新一。

　　而在众多角色中，最让人在意的就是赤井秀一了。他的那些眼神和语气都让人觉得，他知道柯南的真实身份，但又没有确认他知道柯南身份的剧情。直到漫画的最新话，才确认了这一点。在赤井秀一的车上，没有易容成冲矢昴的秀一表示自己行动不方便，而原因是因为：他和某个高中生侦探一样，公开的身份已经死了。

　　赤井秀一口中的这个高中生，指的就是工藤新一，毕竟秀一是个FBI探员，他认识的高中生并不多。而且他强调的是公开身份死了，那就意味这个人在大众眼中死了，可实际上还活着。这样的人并不多，而柯南恰好就是这样的人。而且秀一还是当着柯南的面说这句的，这句话的意图就更加明显了。

　　至于赤井秀一是什么时候知道柯南身份的，那应该是他住进工藤家之后。在此前，秀一只是对这个小学生侦探很好奇而已，毕竟他是个小学生，但是比很多成年人更聪明，这显然不正常。在住进了工藤家后，秀一就发现这个工藤新一神神秘秘的，还试图伪造自己的身份，就像个逃犯一样，作为工藤家的主人，这显然不正常。再结合某个小学生非常异常的举动，以及灰原哀变小的事，秀一很容易就发现柯南其实也和小哀一样。

　　赤井秀一毕竟是红方大将，发现柯南身份倒也没什么，甚至可以让他们的合作更加默契，红方最大的问题就是不团结，他们虽然都想击败黑衣组织，可属于不同的组织，各怀鬼胎。所以这应该还算是一件好事。